伴随着经济调整的阵痛，1994年分税制改革导致的制度性矛盾也越来越激化。一是财权与事权不匹配。分税制将财权向中央集中，同时中央又利用其行政优势将教育、医疗等本应由中央政府承担更多的事权向地方转移，加重了地方负担。二是容易引发负向激励。如营业税为地方税种，企业无论盈亏与否只要在经营，地方政府都能征收营业税，地方政府有激励降低准入门槛吸引投资、提高退出标准维持企业经营。地方政府干预也是钢铁、水泥等产能过剩行业去产能进程缓慢的原因之一。三是财政资金投放不畅。中央对地方的转移支付是地方政府最重要的收入来源，可分为一般转移支付和专项转移支付，专项转移支付只能按特定用途使用，2013年专项转移支付占地方财政收入的27%。当由于项目变更等使得专项转移支付无法按原定用途使用时，便造成财政资金存积。2013年审计署重点审计的9个本级和9个市级财政存量资金共计7653亿元，有26.74%的资金已无法按原有用途被迫限制。
下一步必须通过财税改革理顺央地关系，为地方政府增收减负，提高地方政府的积极性。一是适度扩大地方政府对现有财政资金的支配权。扩大向地方财政的转移支付、提高一般转移支付比例，使地方政府有更大权限支配财政资金。二是适度提高地方财政收入比例。一方面新增地方税种，比如房地产税；另一方面适当扩大共享税中地方财政分享比例。
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